2016 жылғы 1 сәуірден бастап ҚҚС бойынша тіркеу есебіне тұруға салық өтінішін ұсыну тәртібі өзгертілді. ҚҚС бойынша тіркеу есебіне тұру туралы салық өтініші орналасқан жері бойынша салық органына жеке кәсіпкермен, филиал, өкілдік арқылы республикада әрекетін іске асыратын, бейрезиденттің, ҚР заңды резидент- тұлғаның бірінші басшысымен келу тәртібінде  беріледі.    

Сонымен  қатар салық өтінішін берген кезде салық органы  жеке кәсіпкердің, ҚР заңды резидент- тұлғаның бірінші басшысын суретке түсіреді.  

Сондай-ақ 2016 жылғы 1 сәуірден бастап ҚҚС бойынша тіркеу есебіне тұру туралы куәлік тіркейтін органның лауазымды тұлғаның электронды сандық қолымен куәландырылған, электронды құжат үлгісінде ұсынылатын,   бұдан басқа мерзімсіз болады. ҚҚС бойынша тіркеу есебінен салық төлеушіні шығарған жағдайда,  тіркеу есебіне тұру туралы куәлік   жойылады және заңсыз деп саналады.  

ҚР 03.12.2015ж. №432-V Заңына сәйкес мынаған келісілген Салық кодексінің 568 бабы 3 тармағы жойылды: қожалық немесе фермерлік қожалықтар үшін арнаулы салық режимінде бюджетпен есеп-айырысуды іске асыратын, салық төлеуші қосылған құн салығы  бойынша тіркеу есебіне тұру мақсаты үшін айналымды анықтағанда  осы арнаулы салық режиміне келетін, әрекетті іске асырудан орындау бойынша айналым ессепке алынбайды.  Осы норма  2015 жылғы 1 қаңтардан бастап енгізілді.